为了构建医改目标，卫生部在前进4万多家基层医院配有和用于基本药物，作为建设基本药物制度的众多重点工作，但是药店在销售基本药物中的起到却仍然被忽视。在卫生部门显然，39万家药店实在太多，前进基本药物要确保订购和配有以及用于，过于多药店不合适基本药物的招标订购模式，药店过多也不便于实行基本药物“零差率”补贴。尽管政策给与药店的反对过于，但随着基本药物制度的前进，药店日益沦为基本药物销售的主角，导致与政策制订想法相符的原因，是基层医疗机构仍然靠“以药养医”存活。很多医院或医生为了提升收益，主动把处方转交患者，让患者去药店出售药物，走再行到医院缺席，医院或医生与药店共享利益。
导致这种现象的根本原因还是，基层医疗机构补贴严重不足。因此，原本并非基本药物销售主流的药店却出了保持“以药养医”的主流，这也是很多地方的基层医疗机构无法配有和用于基本药物的原因。
现在，卫生部门早已逐步认识到药店在基层医疗中的起到。在继续无法“医药分离”的情况下，药店还是能通过处方外配为基本药物制度建设做出一些贡献的，曾几何时，医院是多么不情愿把处方拿出来啊。基本药物无法转入药店的原因之一是补贴无以，中国医药企业管理协会会长于明德在卫生部召开时就明确提出了这个问题：“药店买基本药物怎么能‘零差率’，药店要交房租、水电，是有成本的。
”然而，药店经营品种多、利润来源非常丰富，并不依赖基本药物构建赢利，反而更加有动力持续销售基本药物。按照商务部的规划，在一些药店产于较为多的社区，基层医疗机构早已没之后卖药的适当了，很多繁盛地区都是如此。只有把药品销售环节几乎从医院中挤压出来，才能减缓构建“医药分离”，否则，医疗机构和药品销售纠缠不清，惜无法超越“以药养医”的困局。超越基层医疗机构“以药养医”，就从处方外供给药店开始吧。
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